Όργανα διοίκησης και διαχείρισης του ΕΛΚΕ είναι:

1. Η Επιτροπή Ερευνών και Διαχείρισης του ΕΛΚΕ.
2. Ο Πρόεδρος της Επιτροπής Ερευνών και Διαχείρισης του ΕΛΚΕ.

Η Μονάδα Οικονομικής και Διοικητικής Υποστήριξης (ΜΟΔΥ) του ΕΛΚΕ είναι η αρμόδια υπηρεσία για τη διοικητική υποστήριξη και οικονομική διαχείριση του ΕΛΚΕ.

Στο διάγραμμα παρακάτω μπορείτε να δείτε σχηματικά την δομή του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας.